Arantzazuko santutegia modernoa eta interes arkitektoniko handikoa da. Inguruko natura malkartsura egokitzeko saioan, Francisco Saiz de Oiza eta Luis Laorga arkitektoek eraiki zuten 1950 eta 1955 bitartean. Erretaularen dekoraziorako, Lucio Muñoz pintore eta eskultore madrildarra aukeratu zuten eta Eduardo Chillidari basilikan sartzeko obrak zuzendu zizkioten. Santutegiak gurutze latindarreko oinplanoa du, antzinako elizaren gainean eraikia. Aipatutako eliza, maila baxuagoan, kripta gisa dago. Absidea erdizirkularra da eta portikoaren gauzarik adierazgarriena frontisaren dekorazioa da, Jorge Oteiza eskultoreak kare-harrizko bloke handiekin egindako irudi antropomorfoen frisoarekin. Kripta osoa banakatutako horma-irudi handiz estalita dago eta oinak Nestor Basterretxearen lana dira. Tenpluaren irudi titularra, Arantzazuko Andre Mariarena, erretaulako nitxoan dago. Irudi gotikoa da eta XIII. eta XIV. mendeen artean egina da.