Agentziak eramango ditu aurrera 1/2006 Legearen 7. artikuluan jasotako eginkizun guztiak, hau da:
- Lege honetan plangintza hidrologikorako aurreikusitako tresnak prestatu eta Jaurlaritzari bidaltzea, eskumena duten erakundeetan agiri horiek onartu, aldatu edo izapidetzeko.
- Estatuko plangintza hidrologikoan parte hartzea, erkidego arteko arro hidrologikoen kasuan, gaia arautzen duen araudiarekin bat etorriz.
- Jabari publiko hidraulikoa babesteko egin beharrekoak egitea, bereziki administrazioaren emakida eta baimenak ematea eta jabari publiko hidraulikoaren araudiarekin bat ez datorren arau-hausterik gertatzen den edo ez zaindu eta ikuskatzea.
- Bere jardunaren arloei dagozkien xedapen orokorren proiektuak egitea eta Euskal Autonomia Erkidegoko agintari eskudunei helaraztea.
- Estatuko Administrazioak eskualdatutako, eskuordetutako edo beraren ardurapean jarritako eskumenak.
- Interes orokorreko obra hidraulikoak.
- Uren Erregistro Nagusiaren antolamendu eta funtzionamendua.
- Gune Babestuen Erregistroaren antolamendu eta funtzionamendua.
- Indarrean dagoen araudiaren arabera ezarri beharreko kanon eta zergei buruzko azterketa eta txostena egitea..
- Uraren arloan indarrean dagoen legeriak ezarritako zergak kudeatu, kitatu, ikuskatu eta biltzea.
- Hasierako onarpenaren ondoren, plan orokor, arau subsidiario, zatiko plan eta plan bereziei buruzko txosten lotesleak egitea. Txosten horiek udal-plangintzaren eta jabari publiko hidraulikoaren babesaren eta erabileraren arteko harremana izango dute gai bakarra, arloari zein ingurumenari dagozkion arrazoiengatik aplikatzekoak diren beste legeek xedatzen dutena gorabehera. Bi hilabeteko epean eman eta jakinarazten ez bada, dagokion plan edo araua ontzat ematen dela joko da.
- Hasierako onarpenaren aurretik, plan orokor, arau subsidiario, zatiko plan eta plan bereziei buruzko txosten lotesleak egitea. Txosten horiek Euskal Autonomia Erkidegoko interes orokorreko obren eta udal-plangintzaren arteko harremana izango dute gai bakarra, arloari zein ingurumenari dagozkion arrazoiengatik aplikatzekoak diren beste legeek xedatzen dutena gorabehera. Bi hilabeteko epean eman eta jakinarazten ez bada, dagokion plan edo araua ontzat ematen dela joko da.
- Uholdeak egon daitezkeen guneetan erabilera-mugak jartzeko proposatzea Jaurlaritzari, baldin eta pertsonen eta ondasunen segurtasuna bermatzeko beharrezkoa izan daitekeela pentsatzen bada.
- Lehorretik itsasora isurketak egiteko baimena ematea.
- Lehor eta itsasoaren arteko zorpen eremuei dagokienez, baimenak ematea eta gune horiek zaintzea, ikuskatzea eta horietan izandako arau-hausteak zehatzea.
- Bere eskumeneko arloekin zerikusia duten dirulaguntzak ematea.
- Arloko eskumenak dituzten administrazioekin koordinatuta, jabari publiko hidraulikoaren babes eta kontserbazioa bermatzea.
- Lege eta erregelamenduek agentziari jarritako gainerakoak, bereziki urez hornitzearekin, saneamenduarekin eta ureztatzearekin zerikusia duten arloetan, eta baita kudeaketa-organoak eta erabiltzaileen elkarteak kontrolatzearekin zerikusia dutenetan ere; esandakoez gainera, emango dizkioten gainerakoak ere bai.
