Uraren Euskal Agentziak hainbat programa ezarrita ditu ur masen eta babestutako eremuen egoeraren  jarraipena egiteko. Orokorrean Euskal Autonomia Erkidegoa da segimendu horretarako esparru 

Ur masen egoera ezagutu eta jarraipena egitea hidrologia plangintzaren eta uraren kudeaketaren ardatz nagusietarikoa da. Haren bitartez erabakitzen da ezarritako neurriak ebaluatu, neurri berriak jarri edo aldatu behar diren, plangintzan bertan ezarritako ingurumen-helburuak betetze aldera.

Uraren Euskal Agentziak lan horien bitartez lortutako datuak honako hauetan islatzen da:

• UBEGI ur masen egoeraren gaineko informaziorako sarbide zentralizatua, emaitza analitikoak kontsultatzeko aukera ematen duena, horien artean adierazle fisiko-kimikoak, biologikoak eta hidromorfologikoak bisore geografiko baten bidez eta kontrol guneak bilatzeko eta aukeratzeko tresnen bidez. 
• TXOSTENAK
  • URTEKO TXOSTENAK Ur masen eta babestutako eremuen jarraipen programa desberdinetatik lortutako informazioaren urteroko ebaluaketa, denboran izan duen bilakaera eta erabilitako ebaluaketa sistemak.  Bi bloketan aurkezten dira urteko txostenak eta aurreko txostenak azken bost urteko informazioarekin. Halaber egindako jarraipen espezifikoen txostenak ere aurkezten dira, jarraipen programa orokorren osagarriak. 
  • LABURPEN TXOSTENAK Urtero egiten diren dibulgaziorako txostenak Uraren Euskal Agentziaren sareetan, oro har, egindako lanak laburbiltzen dutenak. 
• PROTOKOLOAK Uraren Euskal Agentziak egindako protokoloak laginketa, laborategi eta indizeak kalkulatzeko Euskal Autonomia Erkidegoko azaleko ur masen egoeraren jarraipenean erabiltzeko.