Para la realización de la estadística agraria, pesquera y alimentaria se colabora activamente, en el marco de la organización estadística de Euskadi, con Eustat para el desarrollo de operaciones estadísticas tales como el Censo Agrario, la Encuesta de Estructuras de Explotaciones Agrarias, Cuentas Económicas, Cuentas Trimestrales, Tablas Input-Output, etc., para la realización de Análisis, de Proyectos Técnicos, de implantación de sistemas de difusión de la estadística, etc.

Se trabaja de forma permanente con los órganos y servicios propios de la Administración Agroalimentaria Vasca, las empresas de su entorno y otros departamentos del Gobierno Vasco.

El Departamento tiene subscrito con el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino un convenio de colaboración en materia de información y estadística para la realización en la Comunidad Autónoma de Euskadi de las operaciones estadísticas de carácter estatal.

Así mismo, se intercambia experiencias con otras CCAA para un mejor diseño y realización de la actividad estadística y tiene previsto participar en los grupos de trabajo de Eurostat.