La Agencia Vasca del Agua llevará a cabo las funciones señaladas en el artículo 7 de la Ley 1/2006:

• La elaboración y remisión al Gobierno, para la aprobación, modificación o tramitación ante las autoridades competentes, de los instrumentos de planificación hidrológica previstos en esta ley.
• La participación en la planificación hidrológica estatal de las cuencas intercomunitarias, de acuerdo con su normativa reguladora.
• Intervenciones para la protección del dominio público hidráulico, en especial el otorgamiento de las concesiones y autorizaciones administrativas, así como la vigilancia e inspección y sanción de las infracciones contrarias a la normativa reguladora del dominio público hidráulico.
• La elaboración y remisión a las autoridades competentes de la Comunidad Autónoma del País Vasco de los proyectos de disposiciones generales en materias propias de sus áreas de actuación.
• Las competencias transferidas, delegadas o encomendadas por la Administración estatal.
• Las obras hidráulicas de interés general.
• La organización y funcionamiento del Registro General de Aguas.
• La organización y funcionamiento del Registro de Zonas Protegidas.
• El estudio e informe sobre la aplicación de cánones o tributos de conformidad con la normativa en vigor.
• La gestión, liquidación, recaudación e inspección de los tributos establecidos en la legislación vigente en materia de aguas.
• Informar con carácter vinculante los planes generales, normas subsidiarias, planes parciales y planes especiales después de su aprobación inicial. Este informe versará en exclusiva sobre la relación entre el planeamiento municipal y la protección y utilización del dominio público hidráulico, y sin perjuicio de lo que dispongan otras leyes aplicables por razones sectoriales o medioambientales. Se entenderá positivo si no se emite y notifica en el plazo dos meses.
• Informar con carácter vinculante los planes generales, normas subsidiarias, planes parciales y planes especiales antes de su aprobación inicial. Este informe versará en exclusiva sobre la relación entre las obras de interés general de la Comunidad Autónoma del País Vasco y el planeamiento municipal, y sin perjuicio de lo que dispongan otras leyes aplicables por razones sectoriales o medioambientales. Se entenderá positivo si no se emite y notifica en el plazo dos meses.
• La propuesta al Gobierno del establecimiento de limitaciones de uso en las zonas inundables que se estimen  necesarias para garantizar la seguridad de las personas y los bienes.
• La autorización de los vertidos tierra-mar.
• La autorización en zonas de servidumbre marítimo- terrestre, así como su vigilancia, inspección y sanción.
• La concesión de subvenciones relacionadas con materias de su competencia.
• Garantizar, en coordinación con las administraciones con competencias en la materia, la protección y conservación del dominio público hidráulico.
• Cuantas otras le sean atribuidas por las leyes y reglamentos, en especial en relación con la política de abastecimiento, saneamiento y riego, así como con el control sobre los órganos de gestión y comunidades de usuarias y usuarios, y otras que le resulten adscritas.