La grotte d’Ekain se trouve sur le versant oriental de la colline éponyme, à proximité de la maison de Sastarrain sur la commune de Deba à 1,5 kilomètre à peine de Zestoa. Les deux ruisseaux de Goltzibar et de Beliosoerreka s’écoulent à côté de la grotte avant de plonger dans le canal de Sastarrain. La présence de cours d’eau dans les environs immédiats de la grotte et son orientation favorable en ont fait un lieu propice à l’occupation humaine durant le Paléolithique.

Autour de la cavité qui se trouve 90 mètres au-dessus du niveau de la mer, de hauts massifs et des montagnes abruptes s’élèvent à presque 800 mètres. Ils sont moins élevés et escarpés au Nord en direction du littoral qui au Paléolithique se situe à 11 kilomètres.

Aujourd’hui le climat aux environs d’Ekain est humide et tempéré (climat atlantique). Les températures sont douces et les précipitations sont réparties sur toute l’année. La végétation actuelle est composée d’arbres feuillus et de conifères ainsi que de cultures fourragères.

Aux alentours de la grotte d’Ekain, de nombreux sites archéologiques datés de la période Magdalénienne (entre 20 000 et 13 000 ans) comme Urtiaga et Ermittia à Deba, Aitzbeltz à Andoain, Agarre et Erralla à Aizarna ont été mis au jour, mais aussi des sites plus anciens comme Astigarraga à Deba, Irikaitz et Amalda à Zestoa. On a aussi découvert récemment d’autres grottes ornées : Astigarraga et Erlaitz à Deba et Danbolinzulo à Zestoa.