EAEKo Herri Administrazioaren Artxibo Nagusian funts dokumentalak antolatzeko era organiko-funtzionala da eta bost mailatan dago egituratuta: funtsa, azpifuntsa, atala, azpiatala eta dokumentu-segida.

• Funtsak bat datoz Erkidegoko Arministrazioari egotzitako gaitasun-arlo handiekin. Bi letrarekin kodetzen dira (adibidez: KU-KULTURA).
• Azpifuntsak funts baten zatiak dira, gainerakoarengandik bereizten dira eta nolabaiteko autonomia-maila duten mendeko administrazio-entitateei dagozkie. Hori ere bi letrarekin kodetzen dira (adibidez: OS-OSAKIDETZA-Euskal Osasun Zerbitzuak).
• Atalek gaitasun-alor baten barruko alor funtzionalak identifikatzen dituzte. Bi digiturekin kodetzen dira (adibidez: OS.03-OSPITALEKO ARRETA).
• Azpiatalak sortzen dira atalaren entitateak beharrezko egiten badu. Letra bakarrarekin kodetzen dira (adibidez: OS.03.F-BASURTUKO OSPITALEA (Bilbo)).
• Dokumentu-segidak administrazio- funtzio edo -jarduera bat gauzatzean sortutako dokumentuak eta/edo espedienteak biltzen ditu. Hiru letrarekin kodetzen dira (adibidez: CU.06.SLP-Sorkuntza-lantegiak programarako laguntzak; OS.03.F.BOD-Basurtuko Ospitaleko Dokumentazio historikoa).