Mediante los Acuerdos de Consejo de Gobierno de 23 de diciembre de 1997, 28 de noviembre de 2000, y 10 de junio de 2003, se declararon 6 Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y se propusieron 52 espacios para ser designados como Lugares de Importancia Comunitaria (LIC). Esta propuesta se elevó a la Comisión Europea, que aprobó la Lista de Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) mediante las Decisiones 2004/813/CE y 2006/613/CE correspondientes a las regiones biogeográficas atlántica y mediterránea respectivamente, a las cuales pertenece nuestra Comunidad Autónoma.

Conforme a lo establecido en el artículo 4 de Directiva 92/43/CEE del Consejo, de 21 de mayo de 1992, relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres, y en los artículos 44 y 45 de la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, las Comunidades Autónomas, previo procedimiento de información pública, declararán todos los LIC como Zonas Especiales de Conservación (ZEC), además de las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) en su ámbito territorial, y fijarán las medidas de conservación necesarias, que respondan a las exigencias ecológicas de los tipos de hábitats naturales y de las especies presentes en tales áreas. Las medidas de conservación implicarán planes o instrumentos de gestión y medidas reglamentarias, administrativas o contractuales. La designación de las Zonas Especiales de Conservación (ZEC) se deberá realizar en un plazo de 6 años desde la adopción de la lista de lugares por la Comisión Europea. Debe tenerse en cuenta además que, conforme al artículo 2.f) de la citada Ley 42/2007, la prevalencia de la protección ambiental sobre la ordenación territorial y urbanística es un principio que inspira esta normativa.

Igualmente, se ha procedido a fijar las prioridades requeridas en la Directiva Hábitat en tres niveles diferentes: en primer lugar, se ha dado priorización en la designación de Zonas Especiales de Conservación a aquellos espacios que no están amparados por ninguna otra figura de protección y que soportan mayores presiones y amenazas; en el segundo nivel, de entre los objetos de conservación dentro de cada espacio, se han seleccionado aquellos considerados clave; y en el tercer nivel, se han priorizado las medidas activas de conservación, otorgando mayor relevancia a aquellas consideradas más urgentes o a aquellas con cuya ejecución se considera que la mejora del estado de conservación de los objetos de conservación y del espacio en su conjunto, es más relevante.

Los espacios integrantes de la Red Natura 2000 de la CAPV, del ámbito de Urdaibai y San Juan de Gaztelugatxe, son 4 ZEC San Juan de Gaztelugatxe (ES2130005), Red fluvial de Urdaibai (ES2130006), Zonas litorales y marismas de Urdaibai (ES2130007), Encinares cantábricos de Urdaibai (ES2130008) y una ZEPA Ría de Urdaibai (ES0000144). Estos espacios albergan hábitats y especies de interés comunitario, incluidos en los anexos I y II de la Directiva 92/43/CEE, de Hábitat, especies de aves del anexo I de la Directiva 2009/147/CE relativa a la conservación de las aves silvestres y constituyen asimismo lugares de reposo y alimentación para las aves migratorias con llegada regular a esta Comunidad. Por esta razón fueron designados lugares Natura 2000.

En este ámbito, la red fluvial juega un papel crucial en la coherencia de la Red Natura 2000, por su importancia para la conectividad ecológica. Esta función conectora se manifiesta tanto longitudinalmente, a lo largo de la red hidrográfica, como transversalmente, en las conexiones de los bosques ribereños con los robledales y encinares de este ámbito, así como entre las zonas más montañosas con el estuario y franja costera. Las relaciones ecológicas entre los espacios Natura 2000 del ámbito de Urdaibai y San Juan de Gaztelugatxe, y los instrumentos de ordenación que ya existen, aconsejan abordar un proyecto de Decreto común en relación a estos espacios, que facilite la gestión de todos ellos, promoviendo una mayor eficacia y eficiencia en la movilización de recursos.

Para dar cumplimiento a los requerimientos de la Directiva 92/43/CEE en lo relativo a la designación de las Zonas Especiales de Conservación, se ha profundizado en el estudio de los espacios y se ha representado a escala adecuada la distribución de los hábitats de interés comunitario y otros hábitats de interés regional. Asimismo, se ha trabajado en el estudio de la distribución y del estado de conservación de las especies de fauna y flora características de estos lugares Natura 2000.

Los trabajos de detalle han permitido mejorar la información científica y arrojado datos de superficie de los tipos de hábitats que en algunos casos difieren de los datos consignados y comunicados a la Comisión Europea junto con la propuesta de la lista de lugares de la Comunidad Autónoma del País Vasco. Estas diferencias obedecen a la escala de trabajo utilizada en el momento de elaborar la propuesta inicial.

El estudio en detalle ha permitido corregir asimismo la interpretación de determinados hábitats. Así, se ha constatado que en algunos lugares hay tipos de hábitats citados en el formulario que finalmente han resultado no estar presentes y, por el contrario, se ha detectado la presencia de tipos de hábitats no registrados en la propuesta inicial.

El procedimiento para la designación de las Zonas Especiales de Conservación ha incluido el necesario proceso de participación, conforme a los principios de la Ley 27/2006, de 18 de julio, por la que se regulan los derechos de acceso a la información, de participación pública y de acceso a la justicia en materia de medio ambiente. En este proceso han tomado parte diferentes agentes representantes de los intereses sociales y económicos. En la tramitación del Decreto se ha dado cumplimiento además al preceptivo trámite de información pública.

Las medidas de conservación de las 4 ZEC y la ZEPA del ámbito de Urdaibai y San Juan de Gaztelugatxe se han elaborado siguiendo los principios emanados de la Comisión Europea, con el objeto de dar respuesta a las exigencias ecológicas de los hábitats y taxones presentes en el lugar y recogidos en las Directivas 92/43/CEE y 79/409/CEE. De acuerdo a lo establecido en el artículo 45 de la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, se ha elaborado un único instrumento de gestión que integra a las 4 ZEC y la ZEPA, dado el ámbito común en el que se ubican y el grado de relación y continuidad geográfica entre espacios.

Por otra parte, se han tenido en cuenta tanto las previsiones de la Ley 5/1989, de 6 de julio, de Protección y Ordenación de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai, como las del Decreto 242/1993, de 3 de agosto, por el que se aprueba su Plan Rector de Uso y Gestión y sus modificaciones posteriores.

Por lo que respecta al área de Gaztelugatxe, también se ha tenido en cuenta lo dispuesto en el Decreto 229/1998, de 15 de septiembre, por el que se declara dicho espacio Biotopo protegido.

Corresponde al Gobierno Vasco la designación y el establecimiento de las medidas conservación, de conformidad con lo establecido en el artículo 44 de la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad y con lo establecido en el artículo 17, puesto en relación con el artículo 13.d), ambos de la Ley 16/1994, de 30 de junio, de Conservación de la Naturaleza del País Vasco.

En su virtud, de conformidad con lo establecido en el artículo 17 de la Ley 16/1994, de 30 de junio, de Conservación de la Naturaleza del País Vasco y de los artículos 44 y 45.1 de la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, a propuesta de la Consejera de Medio Ambiente y Política Territorial, y previa deliberación y aprobación del Consejo de Gobierno en su sesión celebrada el día 4 de junio de 2013,