Para el escrutinio del CERA se proporcionaron equipos de lectura de código de barras para cada una de las tres Juntas Electorales, realizándose la siguiente distribución: Araba - 1 lector, Gipuzkoa - 4 lectores, Bizkaia - 4 lectores.
La utilización de estos lectores agilizó la inserción de los datos de los votantes en el sistema consiguiendo eliminar el posible fallo humano del proceso. Las mejoras realizadas respecto a 2009 surtieron efecto y se recibieron felicitaciones por parte de las Juntas Electorales.
Una vez escrutado el voto de los residentes en el extranjero (CERA), se realizó el escrutinio general, realizando las oportunas correcciones en los datos de algunas mesas electorales siguiendo las instrucciones de la correspondiente JETH. El número de cambios realizados fue mínimo (aproximadamente 4 en Araba, 21 en Bizkaia y 14 en Gipuzkoa). Los principales motivos de cambio fueron: