Antxieta Taldeko bi kidek, Andoni Albizurik eta Rafael Rezabalek, aurkitu zuten Ekain, esplorazio espeleologikoko eta arkeologikoko lanak egiten ari zirela. 1969ko ekainaren 1ean, biak hurbildu ziren haitzuloaren atartera. Eta harrezkero, kokatuta dagoen muinaren izena hartu zuen. Dena den, ekainaren 8ra arte, igandea, Rezabal ez zen ohartu sarrera gunearen atzeko aldean harriz erdi estalita zegoen zulo bat zegoela. Metro batzuk herrestatuz gero, ohartu zen, zuloak barnealdera zeramala. Zailtasun handiz sartu ziren, eta 20 bat metro egin ondoren, zutik jartzeko moduan izan ziren.

Haitzuloaren lehen zatia esploratu ondoren, eta hormetan koloragarriak hautematean, Rezabalek zaldien panela aurkitu zuen (Zaldei). Gainerako taldekideekin hitz egin ondoren, arratsalde hartan eman zioten aurkikuntzaren berri José Miguel de Barandiaráni. Egun gutxira, José Miguel de Barandiarán eta Jesús Altuna azterketa arkeologikoak egiten hasi ziren, eta indusketa lan txiki bat ere egin zuten. Urte berean, labar arteari buruzko lehen lana argitaratu zuten.

Ekaingo ikerketa arkeologikoaren historiak gaur egunera arteko iraupena dauka. 1969. urtetik 1975. urtera haitzuloaren atarteko aztarnategi arkeologikoa induskatu zuten, sei arkeologia kanpaina eginda. Emaitzen atarikoak 1977an argitaratu zituzten, eta ondoren, 1984an, Jesús Altunak eta José María Merinok egindako monografiko bat. 1974. urtean, Ignacio Barandiaránek zaldien ezaugarri artistikoei buruzko azterlana argitaratu zuen. 1978an, berriz, Jesús Altunak eta Juan María Apellánizek labar arte paleolitikoari buruzko lan monografiko zabal bat argitaratu zuten, eta irudi kopurua ugaldu zuten, egindako aurkikuntza berriak txertatuta. Lan hori are gehiago landu eta garatu zuen Jesús Altunak 1997an. 1999. urtean, bisontearen beste irudi bat argitaratu zuten zaldien panelean. 2008. urtetik 2011. urtera, Jesús Altunak berriz egin zituen indusketa lanak atarteko aztarnategi arkeologikoan, eta 2008an, gorriz egindako adierazpen berriak argitaratu zituzten.

Ekainen inguruan, jendearen artean haitzuloaren erabilera sustatzeko asmoz, Ekainberri inauguratu zuten 2008an. Haitzuloaren erreplika bat da, erakusketa bati lotua. Horri esker, haitzuloaren arkeologia balioa eta Euskal Herriko arte paleolitikoa zabaldu ahal izan da. Bada giltzarri garrantzitsu bat, gizartean hedapen handia izan duena: Ekain UNESCOren Munduko Ondareen Zerrendan sartu zuten 2008an.