Al Departamento de Ciencia, Universidades e Innovación le corresponden las siguientes funciones y áreas de actuación:

1. Las facultades que se derivan del Estatuto de Autonomía en relación a la educación superior.
2. Política científica.
3. Impulso y coordinación de la investigación teórica y aplicada.
4. Impulso y coordinación del Plan de Ciencia, Tecnología e Innovación.
5. Gestión del Fondo de Innovación.
6. Centros de innovación cooperativa.
7. Centros de excelencia en investigación.
8. Innovación, con excepción de la innovación en el sector empresarial, a la que se refiere el artículo 10.1.b).
9. Dirigir, de acuerdo con las leyes y los reglamentos, las entidades del sector público adscritas o dependientes del Departamento.
10. Las demás facultades que le atribuyan las leyes y los reglamentos.