El 15 de marzo de 2017, el Gobierno Vasco llegó a un acuerdo con el Gobierno de España para la firma de un Convenio de colaboración entre la Administración General del Estado, el Administrador de Infraestructuras Ferroviarias y la Administración General de la Comunidad Autónoma de Euskadi para encomendar a ésta última la realización de proyectos y obras de la Variante Sur ferroviaria.

Posteriormente, el 2 de junio, el Consejo de Ministros aprobaba encomendar la ejecución de la variante sur ferroviaria de Bilbao a la Comunidad Autónoma de Euskadi, con el objetivo de impulsar el desarrollo de las infraestructuras ferroviarias.

Esta encomienda, que ya fue ratificada en el Consejo de Gobierno del Ejecutivo Vasco, comprende la redacción de estudios y proyectos constructivos, la contratación y ejecución de las obras y la colaboración en la gestión administrativa de los expedientes expropiatorios, así como las direcciones de obra y cualquier otro tipo de servicio que los trabajos de la variante sur ferroviaria requieran. Las actuaciones se financiarán en el marco del concierto económico entre la administración General del Estado y la Comunidad Autónoma del País Vasco (cupo).

Finalmente, el 12 de julio de 2017, Gobierno Vasco y Gobierno central escenificaban en Madrid la firma del acuerdo para el desarrollo de los proyectos y construcción de esta infraestructura.