La Ley de Territorios Históricos es otro de los elementos vertebradores del desarrollo legislativo en la Comunidad Autónoma ya que regula la existencia de una organización político-administrativa nueva, un Gobierno y un Parlamento comunes al conjunto de Euskadi, con el respeto a los regímenes jurídicos privativos y a las competencias históricas de las Juntas Generales y las Diputaciones Forales de Bizkaia, Gipuzkoa y Araba. Armonizar y equilibrar ambas exigencias es el objetivo de esta Ley.

Las relaciones entre las Instituciones Comunes recogidas en el Estatuto de Gernika y los Órganos Forales de sus Territorios Históricos, están reglamentadas por la Ley de Territorios Históricos. Su origen es el reconocimiento de los derechos históricos de los Territorios Vascos expresado en el artículo 3 del Estatuto de Autonomía de Gernika, en el que se señala que Bizkaia, Gipuzkoa y Araba podrán "conservar o, en su caso, restablecer y actualizar su organización e instituciones privativas de autogobierno" aunque reservando al Parlamento Vasco y al Gobierno Vasco, la supremacía política e institucional de la administración de Euskadi.

Así, el Título I dispone las atribuciones de los Territorios Históricos de acuerdo a la tradición foral expresamente reconocida en el Estatuto. Además, establece los mecanismos jurídicos que se necesitan para adaptar las competencias a nuevas situaciones que puedan surgir en el futuro, configurando los mecanismos jurídicos a través de los cuales se podrán transferir o delegar nuevas materias para mejorar la prestación de servicios públicos a los ciudadanos. De este modo se garantiza la ausencia de planteamientos inflexibles o rígidos que pudieran resultar inadecuados por la propia evolución social, económica y política del País.

El Título II ordena la Hacienda General del País Vasco y las Haciendas Forales de los Territorios Históricos, dedicando su segundo capítulo a la regulación de la distribución de recursos entre ambos organismos mediante el Consejo Vasco de Finanzas, basándose en los principios de colaboración y solidaridad.